然而，这些精确控制的条件也为霉菌、细菌和其他微生物提供了理想的生长环境。如果这些微生物在美墨尔特二氧化碳培养箱中存活，细胞培养将会面临很高污染风险，而一旦发生污染，我们只能丢弃受污染的细胞，重新进行实验。
如此，将会对实验结果、整体重复性和实验进度造成很大的影响。
在正常的实验室条件下，特别是多名研究人员公用一台培养箱，不可避免地每天都要重复打开箱门，这就使美墨尔特二氧化碳培养箱无法保持无菌状态。
微生物将通过空气、操作人员甚至污染的培养皿或其他容器进入美墨尔特二氧化碳培养箱。微生物需要水分才能繁殖，所以二氧化碳培养箱内的水盘有污染风险。可拆卸/移除的搁板和水盘，更利于清洁，避免培养箱污染
然而，简单的加入抑菌添加剂并非是合适的解决方案。此外，搁板是放置培养容器的地方，虽然污染风险较低，但同样不可忽视。残留在容器外部的液体或溢出的培养基可能构成微生物生长的基础条件。
例如，如果由于加热不均匀或箱门密封条泄漏等原因而形成的冷凝水，则二氧化碳培养箱的内壁和箱门/箱门密封条也会构成微生物生长的基础条件。
